кварк подхватывает те фотографии и из тех папок из которых ты вставлял их изначально, пускай будут из разных папок, как правильно сказал sh, коллект и делают чтобы собрать все фотки в одну папку. Т.е. кварк спросит куда сделать коллект ты указываешь место и он туда бросает кварковский файл и в папку пикчерз собирает все фотки. После коллекта все не нужные папки с фотками можно грохнуть.
Совсем другой вопрос если  у тебя была папка "а" и ты из нее вставил например фотку "1", и у тебя есть папка "б", где тоже есть таже фотка "1", и ты делал изменение в фотографии из папки "б", тогда тебе либо в ручную придеться переставить фотку в кварковском документе, или папку "а" переименовать или переместить, чтобы кварк не видел предыдущего пути, тогда при коллекте кварк спросит путь к этой фотке, тогда ты  и укажешь папку "б". Да и не называй фотографии одинаковыми именами, а то может получиться казус, даже если эти фотки в разных папках.